Citation

我平常沒注意的參考文獻引用格式(based on APA style)

1. 兩位作者時, 文章引用and或&前不必加逗點, 但文末列參考文獻時就要, 三位以上也要.
2. 作者有3-5人時, 第一次出現在文章中要全部列出, 之後才用et al.; 但若有6人以上, APA格式是從第一次出現就用et al., 戶外遊憩研究第一次仍全部列出.
3. 作者若為機關, 常見者第一次寫全名, 之後可用縮寫, 但易混淆者應全部都寫全名; 第一次引用時加註縮寫應用中括號, 例如(National Institute of Mental Health [NIMH], 2000).
4. 對了, APA有出中文格式唷

Reading Note - Protostomia vs. Deuterostomia

胚胎在形成腸胃道的雛形時, 會出現一個開口, 稱為胚孔.
腔腸動物如扁蟲的胚孔既能進食也能排泄, 同時扮演嘴巴和肛門的角色; 而紐蟲胚胎時期的胚孔會變成嘴巴, 其他如軟體動物, 環節動物與昆蟲等, 也有類似的情況, 牠們被稱為原口類動物(Protostomia); 但如棘皮動物與脊椎動物等, 胚胎時期的胚孔會變成肛門, 之後再長出嘴巴, 被稱為後口類動物(Deuterostomia).
兩類動物在胚胎階段的分裂方式完全不同, 原口類的初期卵裂, 細胞是螺旋狀排列, 而後口類則是輻射排列; 原口類動物在卵裂階段, 細胞的未來走向已然確定(定型), 這種"策略"的好處是可以快速產生後代, 然而, 若在分裂完成前有部分細胞被拿走, 將無法長成完整的個體, 因此幼體死亡率較高; 反之, 後口類動物在卵裂階段的細胞屬未定型, 即使有部分細胞被拿走, 日後仍能長成完整的個體, 相對而言, 幼體死亡率較低.

academic writing 08 constructing a research paper II (continued)

Results deal with facts, which are descriptive; Discussions deal with points, which are interpretive. The There are also three moves. In a long article, the Discussion sections run the sequence more than once.

1. points to consolidate the research space (obligatory)
2. points to indicate the limitations of your study (optional but common)
3. points to recommend a course of action and/or to identify useful areas of further research (optional and only common in some fields)

In my field (describing and solving social problems with ecological data), move 2 is as important as move 1 because social research is too complex to finish in a single paper. As empirical research filling the gap between theory and practice, move 3 is also necessary. Followings are some useful opening:
beginning with a discussion of the literature, such as someone (year) recovered .... and found that ....
offering a general conclusion, such as from this data, it is clear that ....
reminding the reader of the original purpose, such as the objective of the survey was to ...
giving a summary, such as this report brings together all known records of ....
referring to theory, mentioning the methodology or study site, and discussing the limitation.
Besides, in Results, statements may be quite specific while in abstract, space restrictions may lead to a high level of generality. Discussion is expected between these two levels. It is common to use there "phrases of generality", for example, on the whole or in the main.
In order to avoid the limitation to become the weaknesses in the research, there are some typical formulations:

• It should be noted that this study has been primarily concerned with ...
• This study has addressed only the question of ...
• However, the findings do not imply ...
• The results of this study cannot be taken as evidence for ...

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 08 constructing a research paper II

Finally, it's that last unit. Since Unit 7 has paid attention to writing results, unit 8 therefore focuses on introduction sections and discussion sections.

One of the important functions of introduction sections is creating a research space. There are three moves to follow: establishing a research territory, establishing a niche, and occupying the niche. The obligatory steps are following:

1. Establishing a research territory by introducing and reviewing items of previous research in the area.
2. Establishing a niche by indicating a gap in the previous research, or by extending previous knowledge in some way.
3. Occupying the niche by outlining purposes or stating the nature of the present research.

(There are some more optional steps in each move.)
There are some "skeletal" sentences to give a strong opening:

• Recently, there has been growing interest in ...
• The development of ... is a classic problem in ...
• Knowledge of ... has a great importance for ...
• Many researchers have recently turned to ...
• Numbers of recent studies have focused on ...

One of the other important language focuses is the tenses of citation:

• past: researchers' activities in a single reference
• present perfect: an inquiry or a finding
• present: current knowledge

In occupying the niche, there are two main variants:

• purposive: indicating the main purpose(s). For example: The aim of the present paper is to ...
• descriptive: describing the main feature of research. For example: This paper reports on the results obtained ...

If the author refers to the type of text, such as paper, article, or report, he should use present tense. On the other hand, is the author refers to the type of investigation, such as experiment, study, or survey, he should use past tense.

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

Reading Note - The Future of Life 生物圈的未來(名詞解釋)

Gaia蓋婭　大地之母, 英國科學家James Lovelock認為地球上的生物圈緊密相繫, 可以視為單一個生命系統, 因此個別物種就會對整個系統產生重大的影響. 目前有兩種闡述Gaia生物圈的觀點, Strong Gaia認為生物圈中的每一物種都會盡量維持環境穩定, 以創造對生物最有利的環境, 再由整體平衡中獲益; Weak Gaia認為地球上的物種會自行調整其組成, 可視為共同演化, 生物群影響了非生物性的環境因子(如溫度)後, 環境因子再回頭影響生物. 一般科學家－包括James Lovelock－都傾向接受Weak Gaia的觀點

sibling species姊妹種　係指某個族群在諸多傳統分類特徵上與另個族群非常相似, 但在其他同樣重要的特徵上卻又有明顯的差異, 因而不能夠歸為同一種. 最重要的區分依據來自生物學上對物種的定義: 兩族群是否能在野外環境下自由交配並產生後代, 若不能, 便屬於不同種.

song playback播放鳴聲法　物種分類的判斷方法之一, 應用於鳥類; 由於生物學上對物種的定義係以兩族群是否能在野外環境下自由交配並產生後代為主, 爰此, 若兩物種的求偶叫聲無法吸引彼此, 便可斷定兩物種無法自然交配, 可以合理推論其屬不同種, 因此, 科學家預先錄下其中一族群的求偶叫聲, 再播放給另一族群聽, 藉由兩者的反應判斷是否屬同一種, 是為播放鳴聲法.

synergism協同作用　在生物學上, 科學家認為環境中的各種擾動之間存在著複雜的非線性關係, 一旦有新的干擾出現, 就會和原有的干擾相互強化, 造成比兩種干擾結果相加還要更嚴重的衝擊

biophilia親自然性　人類與生俱來特別關注自然生物的傾向，會主動想要與其接觸或交流，這種天性反映在分辨生物與非生物的敏感性上，也表現在居所(或活動環境)的選擇上，例如人們比較喜歡居住在自然環境(或接近自然元素的地方)，尤其是近似稀樹草原的景觀，如公園，亦有一說現代社會中喜好田園風光的都市人，其實也是受到類似稀樹草原的景觀風格所吸引；許多研究證實，人們透過與自然的接觸，可以獲得生理上或心理上的效益，例如肌肉緊張度下降，血壓下降，疼痛減輕，焦慮解除或是注意力回復等

Reading Note - The Future of Life 生物圈的未來ch.3

物種滅絕因子: HIPPO
Habitat destruction棲地破壞: 例如森地遭砍伐, 棲息其間的物種數量衰減乃至滅絕
Invasive species外來入侵種: 例如小花蔓澤蘭或巴西龜取代了原有的物種
Pollution污染: 淡水, 海水及土壤都可能遭受污染, 在其間棲息或覓食的物種因而衰弱或減少
Population人口過剩: 人口越多, 代表HIPPO的各項目衝擊越大, 因此也是最主要的因子
Over-harvesting: 過度地採集, 砍伐或獵捕
以現代化的世界的世界而言, 除了Population外, 其他因子的衝擊程度如HIPPO的順序排列, 包括陸地和海洋; 當然, 在舊石器時代, 順序是反過來的.

在各式各樣的棲地破壞中, 影響最深遠的當屬砍伐森林; 在距今6000至8000年前, 亦即大陸冰河退去後, 人類開始發展農耕前, 森林面積達到最高峰, 如今大約只剩當初的一半, 而且還快速減少中, 剩餘的森林亦未必能保持原有的品質, 有些甚至嚴重受損. 減少棲地, 就是減少棲息其間的物種數目, 當棲地面積縮小, 所能供養的物種數目會減為原本的六次方根到三次方根, 中間值通常為四次方根, 若棲地減少為原來的1/10, 則物種數會減少約一半!
全球暖化導致棲地的環境條件不再適合物種生存, 因此物種可能必須往高海拔或高緯度的地方遷徙, 但有些生態系卻走投無路, 例如凍原, 高緯度海域及高山地區.

Reading Note - The Future of Life 生物圈的未來ch.1

灰狼－　犬屬
郊狼、狐狸、犬屬－　犬科
熊、貓、浣熊、犬科－食肉目
兔子、羊、斑馬、食肉目－哺乳綱
鯊魚、喜鵲、鱷魚、象龜、哺乳綱－脊索動物門
蚯蚓、蛞蝓、海鞘、水螅、珊瑚蟲、脊索動物門－動物界

六界－
細菌界、古細菌界、原生生物界、真菌界、動物界、植物界

三域－
細菌域、古細菌域、真核生物域

動物界又可分為兩個亞界: 側生動物亞界和真後生動物亞界; 前者具有分化的細胞但不具組織, 體型不對稱, 現今留存的側生動物僅有多孔動物門的海綿; 另外, 被歸為真後生動物亞界的扁盤生物門的體型亦不對稱, 該門僅有絲盤蟲一種動物
真後生動物門係指具有細胞組織的動物, 且具有特化細胞如神經細胞, 除扁盤生物門外, 可依體型的對稱方式分為幅射對稱動物與兩側對稱動物; 前者包括櫛水母動物門與刺胞動物門, 但依支序分類學(Cladistics, 又稱親緣分支分類學), 櫛水母動物門和兩側對稱動物的親緣關係更加密切.
兩側對稱動物除直泳蟲門, 菱形蟲門和毛顎動物門外, 可分為後口動物總門, 蛻皮動物總門, 扁蟲動物總門及冠輪動物總門等4大類.
後口動物總門中最為人熟知的莫過於脊索動物門, 其下又分頭索動物, 尾索動物及脊椎動物等3亞門, 頭索動物亞門以文昌魚為代表, 尾索動物門如海鞘, 脊椎動物亞門下分4類, 一類為最原始的牙形綱和各種OO魚綱(如頭甲魚綱等), 較高等的兩棲綱, 以及屬於羊膜動物的蜥形綱, 鳥綱(兩者屬同一分支)與哺乳綱.
蛻皮動物總門中最大的是節肢動物門與線蟲動物門, 前者為動物界中種數最多的一門, 較為人熟知的昆蟲綱屬六足動物亞門, 蛛形綱屬螯肢亞門; 線蟲動物門的多樣性僅次於節肢動物門, 許多種類為常見的病原體.
扁蟲動物總門包括扁形動物門(如吸蟲, 條蟲)等7個門, 但其分類尚未形成共識, 如1995年才被發現並發表的環口動物門, 僅因可能與輪形動物門具親緣關係而暫歸在此總門.
冠輪動物總門和蛻皮動物總門合稱原口動物, 較為人熟知的有軟體動物門(如蝸牛, 腹足綱), 環節動物門(如蚯蚓, 環節綱)等, 但蛻皮動物總門中的輪形動物門和環口動物門, 依rRNA定序結果, 亦可能屬此總門.

由於全球環境問題日益惡化, 自然資源消失速度增快, 生物界的探測活動更加急迫且深入, 例如全球兩棲動物的種類在1985年至2001間增加了1/5, 亦即由4003種增加到5282種, 然而, 許多新物種在被發現的同時, 也登上瀕臨絕種的名單.

A note for my bird paper

In writing the abstract, I found it is a better way to show my results:

1. describing the RANGE of effective spatial scales of birds and butterflies individually, and explaining the probable reasons leading to difference in Ch.3.
2. focusing on the common spatial scale, i.e. the suitable scale, which describes comprehensive biodiversity in Ch.4. The suitable scale should be included in effective scales.

This idea is based on my abstract.

The suitable spatial scale(s) is very important to conduct comprehensive rural landscape research and planning projects for biodiversity. Therefore, this study aims to use cross-species biodiversity to define the explanatory power of different spatial scales, and discuss the effect at the suitable scale(s).

Since both birds and butterflies are representative to describe rural biodiversity, this study uses cross-species birds and butterflies as indicator groups of species to examine the effect of landscape structure, indicated with landscape structure metrics, at different spatial scale, which is delimited according to birds and butterflies life range.

This study finds that the suitable spatial scales for describing comprehensive biodiversity disagree with the ones for discussing the effect of the most significant land cover types. In particular, although the scale with extent 100 m and grain size 10 m seems suitable to meanwhile give consideration to bird and butterfly, the most critical land cover type, woodland, has more significant correlation with indicators of biodiversity at larger extent (i.e. 200 or 250 m). These findings effectively help building a specific spatial scale system for protecting or improving biodiversity in rural landscape. Furthermore, this study also provides an approach to solve the spatial issue in landscape research and planning.

academic writing 07 constructing a research paper I

There are two chapters talking about constructing a research paper: unit 7 and unit 8.

To begin with, unit 7 introduces how to write a short communication, which is no concern of mine.I focus on a typical organizational patter for my paper, the so-called IMRD (Introduction-Methods-Results-Discussion) format. What I should write and what the book can help me are including:

1. Title
2. Abstract-unit 5 (Summary writing)　　　　　　　　　　　　　　　　　　
3. Introduction-unit 2 (General-specific), unit 3 (Problem-solution), unit 6 (Critique)
4. Methods-unit 3 (Process descriptions)
5. Results-unit 4 (highlighting statements; qualifications)
6. Discussion-unit 4 (explanations), unit 6 (literature comparisons)
7. Acknowledgement
8. Reference

Table 21 is very useful because it lists the frequencies of important features in RP sections. For example, the frequency of present tense in introduction and discussion is high, while in methods and results is low. On the other hand, the frequency of past tense in introduction and discussion is mid, while in methods and results is high. Other features are including passive voice, citations, qualifications, and commentary.

The direction begins at methods instead of introduction. In different fields, people have different strategies to develop their methods sections. In many of the social sciences, describing all the detail is very important in methods sections because developing methodology could be one of the main points of an research paper. However, in natural science, engineering and parts of medical research, previous researchers have established many standard procedures and methods, which are widely available. Table 22 provides 8 tips to condense or extend the methods sections based on different requirements.

About result, unit 4 (data commentary) has covered many skills. Therefore, unit 7 emphasizes the organization of results sections.

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 06 writing critiques

顧名思義就是評論性文字的撰寫, 本章分為兩部分, 第一部分是書評, 對研究生來說, 通常只有遇到指定作業是某本書的讀後心得時, 才有可能需要寫"書評"; 比較實用的是第二部分, 也就是針對文章的評論, 小至meeting時報paper, 大至自己的paper要引述前人研究, 都需要掌握這個能力.

在文章的評論上, 可由以下各項切入:

1. 讀者是誰?
2. 本文目的為何?
3. 本文研究問題為何? 評論者可以嘗試以一個yes or no的問題來替文章作者提問
4. 作者得出什麼結論? 或說, 作者會用yes還是no來回答評論者的問題?
5. 作者提出什麼樣的證據來支持自己的結論?
6. 作者的結論是真的有效呢, 抑或只是看似有理?
7. 作者的結論是基於什麼樣的假設所提出?
8. 這篇文章在該領域中是否具有原創性貢獻? 為什麼?

在字彙與句型的運用上, 則具有以下技巧:

1. 假設語氣與事實不符: 簡單地說就是指出這篇文章的不足之處, 例如This article would have been more persuasive if the author had related the findings to previous work of the topic. 或是The author should have provided more data about her sample. 在語氣上, should表達較強烈的意見comment), could則只是提出建議(suggestion), 若用might則是更是更溫和的建議(weak suggestion).
2. 利用具有評估意涵的名詞, 動詞, 形容詞和副詞: 例如成功success (n.) - succeed (v.) - successful (a.) - successfully (ad.), 以及失敗failure (n.) - fail (v.) - unsuccessful (a.) - successfully (ad.); 然而, 在不同學門中, 常用的字彙也不同, 例如在人文科學(如歷史), 常用scholarly或original表示稱許, 而用thin表示不佳, 而在理學(如物理), 常用elegant或economical表示稱許, 而用sloppy表示不佳.
3. 倒裝句: 強調否定或句中的形容詞/副詞, 例如Not only has the author presented some valuable new information, he has also presented it in a very clear and coherent manner. 或是Particularly important was the discovery that many computer viruses have no known source. 等

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 05 writing summaries

Summary在此是指將參考文獻引入自己的文章中, 寫作要點如下:

1. 必須聚焦於全文的重點, 但不必表達出來源文章的每一個章節或段落
2. 必須呈現出全文的精確風格(accurate fashion)
3. 最好濃縮全文的意思後用新的詞語表達, 直接複製全文內的句子效果不佳

寫作技巧簡述如下:

1. 界定引用來源, 例如according to 某人 (某年), 某人's 某年 paper on fluoridation discusses, 某人 (某年) states that等, 常用的動詞如presume, speculate, describe, recommend, claim, assume, contend, propose, theorize, support及examine等, 這些動詞又分為客觀性的和評估性的兩種, 像describe應該就比較客觀, 而support應該就具有評估意味(吧? 我想的); 注意, mention這個動詞非常不正式, 不宜用於summary. 另外, 也可以善用副詞來表達自己的想法, 例如某人wrongly assumes that....
2. 延續性的引用, 在較長的敘述中, 應適度提醒讀者這是引用參考文獻, 而非本研究論點或成果, 例如the author goes on to say that, the article further states that, 某人 also states that, 或in the second half of the paper, 某人 presents.... 另外, 也可以用轉折語, 如additionally, in addition to, also, furthermore, further, moreover等
3. 比較性的引用, 可以顯示出自己對文獻的分析, 最初步的比較就是列出相似處和相異處, 其之, 應能夠顯示出文獻之間的關聯性, 包括重疊的觀點和重要的差異; 顯示相似處的轉折詞如similarly, likewise, in the same fashion等, 顯示相異處的轉折詞如in contrast, unlike, in contrast to, on the other hand, whereas等; 另外, 也可以用動詞來表達, 例如相似處: to be similar to, to resemble, to be comparable to, to correspond to等, 相異處: to differ from, to contrast with, to be different from等.

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 04 data commentary

data commentary的文字必須謹慎拿捏, 不能只有單純地複述數據, 也不能過度解釋遽下結論.

個別而言, data的描述與評論又必須拿捏肯定性及普遍性, 呈現出"confidently uncertain", 以提高研究結果的精確度:

1. probability, 一句話要講到多強烈? 多有信心? 由強到弱可採用下形容詞或副詞: (最強) certain --> almost certain --> very probable/highly likely --> probable/likely --> possible --> unlikely --> very/highly unlikely (最弱)
2. distance, 結果與事實之間可能的距離, 其實也就是作者信心的呈現, 舉例如下: (最強) the factory has benefited form... --> the factory seems to have benefited from... --> the factory appears to have benefited from... --> it seems that the factory has benefited form... --> it has been said that the factory seems to have benefited form....
3. generalization: 把結果普遍化而又不武斷, 例如把Children living in poverty have a history of health problems.改成Children living in poverty tend to have a history of health problems. 或Many children living in poverty have a history of health problems.

若出現不符預期的數據, 應該討論它而不是忽略它, 可以使用以下動詞片語: may be due to, can be attributed to, can probably be accounted for, is probably a consequence of, would seem to stem from等.

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 心得20110809

目前為止上了general-specific和problem-solution兩種文體: general-specific適合作為概念的介紹並引出重點, 我想可以放在前言, 把當今世上亟待解決的狀況聚焦到我的研究問題和研究目的上; problem-solution乍看之下是從提出問題到解決方案的描述, 本來只覺得可以用在摘要的寫作上, 但這種寫法其實也是一種評析, 可以用於文獻回顧, 亦即先前有什麼樣的問題, 人家用什麼樣的研究做出什麼樣的結論, 然後有什麼不足之處.

課本中除了說明各種文體的組成元素(例如general-specific中不可或缺的definition), 也特別列出可能用得上的文法(例如要提出定義可以用refer to等片語), 以language focus的標題插在課文裡, 相較於那些日文翻過來的論文寫作常用語書籍, 要來得積極許多(知其然也知其所以然)^^

academic writing 03 problem-solution texts

相對於general-specific texts, problem-solution texts是提出主張和評估的段落, 對研究生的academic writing來說, 可用以提問或表達對問題(或解決方案)的理解.

標準的problem-solution段落包含4個部分(可能也就是4段文字): situation, problem, solution及evaluation (of the solution(s)), 例如1994年的<英文在學術發表上的角色>一文, 作者的觀點可以由以下4段文字表達:

1. 提及ISI收錄的學術文章有80%以英文書寫, 但集中在工程, 藥學及非臨床心理學等領域(situation)
2. 我們無從瞭解整個學術界中, 英文paper占有多大比例, 尤其在大型資料庫刻意以英文為主要收錄對象的情況下(problem)
3. 作者引用前人研究指出, 在社會科學, 農業等領域中, 英文paper約占40%到50%, 推定英文papero占學術發表的比例在50%到80%之間(situation)
4. 但目前並沒有相關研究可以支持這個結論, 非英文系國家的研究人員仍不知道用母語寫作的paper有多少影響力(evaluation)

事隔10年後, 有另一位作者以同一個主題撰寫另一篇文章, 引用了較新的數據提出新的主張, 其文章結構如下:

1. 1994年有篇文章(即上述例子)提出英文系資料庫的偏誤, 並引用一些小樣本的個別領域研究, 認為英文papero占學術發表的比例在50%到80%之間(situation)
2. 然而那篇文章並未認知道過去30年來, 許多日文及歐陸語系期刊開始改以英文出版(problem)
3. 作者引用前人研究指出許多領域的期刊已全面改用英文出版, 且80%的博士論文係以英文撰寫, 暗示英文paper的比例應超過80% (situation)
4. 但英文優勢的情況也導致一些本土研究刻意以當地語文撰寫, 故仍有待後續研究(evaluation)

一般的研究中, solution都是一個process (解決問題所需的步驟), 有時problem也可以視為process來描述, 特別是在比較傳統的problem-solution文體中, 會比較強調技術性的描寫, 將在academic writing 04中說明.

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

academic writing 02 general-specific texts

A general-specific text is for:

1. an answer to an examination question,
2. an opening paragraph of an assignment, or
3. a back ground (or scene-setting) paragraph to and analysis or discussion

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

其結構如下:

general statement --縮小到--> 支持此一general statement的細節 --縮小到--> 更細節 --擴大到--> broader statement

general statement可能是一個定義, 或一句廣泛的敘述, 雖然以名詞定義起始是常見的文章開頭, 但多適用於教科書, 既然學術論文的讀者都是相關領域的專家, general statement應該要用以描述更複雜的概念; 用於"定義"的句型視需求而定, 可以運用as know as, defined as, 或called等詞, 在提及該名詞(或該概念)的句子裡簡要定義, 也可以用整個－甚至數個－句子來下定義.

why general-specific texts? 在文章中是用來敍述和解釋的段落, 以研究生所撰寫的學術文章而言, 是用以表達自己知道些什麼; 而不是用以提出問題, 主張或評論.

academic writing 01

The composition of academic writing:

audience

purpose

organization

style

flow

presentation

(Swales, J. M. and Feak, C. B. 2007, Academic Writing for Graduate Students, University of Michigsn Press, Ann Arbor.)

What I should note:

1. organization

最常見的文章組織是problem-solution, 可分為4個部分: description of a situation, identification of a problem, description of a solution, 以及evaluation of the solution

其他可能的組織包括comparison-contrast, cause-effect, 以及classification

2. flow

重點之一是連接詞(包括轉折語氣)的使用, 不是不會, 而是知道得太少, 寫來寫去都是however; 這類用詞可分3類: 連接從屬子句(例如even though, since, whereas等), 開啟獨立句(例如furthermore, as a result, in contrast等), 以及連接單詞(例如in addition to, in spite of, unlike等). 缺少這些連接詞可能不影響文法正確性, 但如妥善運用, 除增加文章流暢度, 亦可適度呈現作者的立場
另一個重點是summary word的使用, 例如The population suddenly increases by about 20,000 this year. This growth can be partly attributed to the students of the new university. 利用"This growth"強調自己所要說明的"概念", 並帶出其後的"原因", 類似的句型如The traditional consumers gather information and then carefully make a purchase. This process has recently been challenged. 同樣用this process來承先啟後, 是提升文章流暢度的技巧之一. 值得注意的是用詞越精準越好, 比如某些情況下, this development或this improvement就比this change或this situation好, 而使用it則是大忌, it可以指一個名詞也可以指整個概念, 甚至是虛主詞, 論文寫作應避免

Spatial modelling of forest community features in the Volzhsko-Kamsky reserve

Rogova et al. ch. 37 in Zuur et al. (edited) Analysing Ecological Data. pp.633-648.

1. Introduction
本研究目的在建立俄國Raifa地區的寒帶樹種空間分布與環境因子間的關係, 關係式如下:
Boreality = f(explanatory variables) + auto-correlation noise + noise
其中
Boreality以zj表示
f(explanatory variables)以f(xj)表示, 包括溫度, 濕度和地形
auto-correlation noise以wi(zi-f(xi))之總和表示, 包括鄰近地區的加權殘差總和, 權重w為距離
noise以ej表示

2. Data exploration
(1)樹種資料
本研究在534個樣區(100m x 100m)中記錄到485種樹種, 其中327種出現在3個以上的樣區中, 寒帶樹種共22種, 在各樣區中所佔比例由0%到60%不等; 由Cleveland dotplot中可以看出並沒有哪個樣區有特別極端的比例.
(2)環境特性資料
本研究採用4種環境特性標指標: NDVI(標準化差異植栽指標, 用以區分植栽和非植栽元素), 凱式溫度, 濕度指標, Grn(綠量指標, 用以表示植栽密度), 另以經緯度表示氣候梯度; 由pairplot中可以看出每個指標都有離散值和共線性, 其中Grn和NDVI, Grn和濕度, NDVI和濕度之間相關性極高, R值分別是0.96, 0.86, 0.82

3. Models
(1)未考慮鄰近樣區影響的LM(線性迴歸模型)和AM(加成迴歸模型)
原本z是以寒帶特性(boreality)代表之, 亦即寒帶樹種的數量, 為了符合一個我沒看懂的biological sense, 應以第638頁的公式轉換, 並以transformed boreality代表z
由於只有緯度, 溫度和濕度在模式中達顯著(p<0 .001="" br="">(2)考慮鄰近樣區影響的LM(線性迴歸模型)和AM(加成迴歸模型)
上一步驟所獲得的AM相關係數已達0/697, 在本步驟中考量鄰近樣區的影響, 提升模型的解釋力

20101011千里馬日記

20101011

這段話存起來備用--

Most controlling measures are regulated in the Regulations on Non-urban Land Use Control (1976), except cropland & pasture, forestry, ecological conservation, national security, aquiculture (power and responsibility of Council for Agriculture, COA), saltern, mine, irrigation works (power and responsibility of Ministry of Economic Affair, MEA), and heritage (power and responsibility of Council for Cultural Affair, CCA).

千里馬日記20100908-2

20100908

Analysis of Environmental Data by Dr. Kevin McGarigal

(Tue, Thu 9.30-10.45 am)

指定教材是Ecological Models and Data in R, by Benjamin M. Bloker

1.introduction

本章廣泛地概覽生態研究的哲學和技術, 若你對哲學不耐煩, 請直接跳到1.4節(哈哈!)

在生態研究中, 統計工具是用來結合模式(models)和資料(data)的, 有了統計之後, 我們不只可以回答"在不同處理下會有多少比例的種子長出不同的根?"的問題, 也可以回答像"本研究結果和理論是否一致?"或"我們有證據說種子和種子之間有變異存在嗎?"等問題.

Sandin和Pacala (2005)對珊瑚礁魚類的經典研究，證實這些魚類的群聚會吸引掠食者(predators)造訪或攻擊, 這種研究可以透過相關性分析或迴歸分析來進行, 但資料必須滿足常態分布或線性關係等條件; Sandin和Pacala用了更有力的方法, 他們建立模式(models), 而且他們用realistic binomial和Poisson probability distribution來描述資料的變異性, 而非常態分布.

(既然他叫我跳到1.4, 我就跳吧)

統計結果有3種: 頻率(frequentist), 貝氏機率(Bayesian)和或然率(likelihood-based).

頻率如Fisher, Neyman, Pearson; likelihood通常是估算最大或然率(maximum likelihood estimation) <--根本看不懂; Bayesian也是一種或然率, 經wiki得知是機率中的機率, 比如驗血的正確率有90%, 陰性和陽性的比例是99.5:0.5, 那某甲驗出來是陽性的機率是多少? 即使如此, 書裡寫的仍不是很懂.

若說頻率統計指的是一個真實狀態(true state), 那Bayesian就是實驗結果的事實(truth)....天啊太玄了 >"<

1.5. R的優缺點

1.6. 模式建立過程

1.7. R的補充

自立自強求生補充: 台大計中電子報[范素瑋/生態學與演化生物學所博士候選人]

http://www.cc.ntu.edu.tw/chinese/epaper/0009/20090620_9005-1.htm

千里馬日記20100908-1

20100830

整個研究的概念架構，是立基於台灣的非都市土地劃有明確的分區(亦即zoning)，原則上這些分區決定了土地使用(以land cover types, LCTs表示之)的方向，在各水庫集水區(watershed)範圍內，便間接對水庫的水質造成影響，因此希望透過本研究，瞭解現行法規對土地使用的影響，以及在此一制度下所形成的土地使用現況對於水質的影響．
由於土地使用對水質影響中，堪稱最明顯又最重要的是營養污染，因此本研究以營養鹽為水質變項.
1. study 1
study 1的目的是瞭解既有的保護區劃設，對於水質是否造成影響，也就是單純地著眼於空間法令對水質的影響，不去討論保護區的空間特性；以美國麻州的河川和州定保護區為對象，就像昨天報告的，以測點上游河川所流經的保護區長度和比例，探討有沒有劃設及不同劃設目的下，河川中的總氮濃度是否有差異
之所以著眼於總氮(TP)是因為文獻中提到的，相較於磷可能來自清潔劑，氮的來源相對單純，就是農耕用的肥料，所以和土地使用的關係是最密切的，而且它也是優養化指數中的3個指標之一(另外兩個是水中的葉綠素II濃度和水質透明度，水質透明度不是污染物，而葉綠素來源也不盡然與土地使用相關)
自變項除了保護區長度和比例外，還會考慮空間尺度，這是為了便於落實管理措施，例如500公尺內的保護區影響大於整個上游的保護區時，那就可以把管理集中在較小範圍內；不過這方面的分析有一毎大的隱憂，就是現在已經只有32個樣點了，並不是每個樣點往上游走500公尺都會有保護區座落其間，樣本可能會少到無法做這個分析
昨天有提到怕內容不夠周全，老師有建議往上推到法規，而不是往下做各保護區的空間特性(但這可以成為另一個獨立的題目，意洽)；我想可以由聯邦政府和州政府的層次，討論不同類型的保護區是否受不同法規約束，我會再想想看
2. study 2
study 2是論文計畫書的主體，以台灣21座主要水庫中的14座為基地，把zoning，LCTs和兩者之間的差異量化，Jack比較注重的是LCTs對水質的影響，我希望zoning和LCTs之間的差異也放進來，另外，Jack還建議做兩個尺度：集水區全區和水域周邊某個寬度的廊道
其實這裡有一個問題，就是這塊地到底可以或不可以長怎樣，是”編定的使用地”決定的(例如建築用地就會規定建蔽率是多少)，而不是"劃定的使用分區"決定的(例如本研究將沿用的山坡地保育區，鄉村區等)；這些用詞可能有些人不太熟，總之台灣的鄉村土地決定一塊地怎麼用的規定有兩層，比如某某村裡一塊地可能被劃定為鄉村區(第1層: 使用分區，或簡稱分區)，而且又編定為建築用地(第2層: 使用地，或簡稱用地)，它能不能蓋房子以及蓋多大蓋多高，其實是第2層的規定決定的
在我旳paper裡，一開始我是兩者都有提到，可能也寫得不清楚啦，Jack說我應該要(1)把法規用語概念化，而不是把台灣的法規名詞翻成英文，(2)無論都市或鄉村，分區代表的是一種經過環境調查後，人們訂定一個目的，並勾勒出一個理想的資源分配和使用的狀態(不管它的目的是為了用光資源或保護資源)，我想知道的是這個理想狀態到底有沒有達到，不管有沒有，現況的影響是什麼？如果沒有，那其落差所造成的影響又是什麼？
所以我後來只把第1層的規定放進來，也就是分區的劃定，包括了特定農業、一般農業、鄉村、森林、山坡地保育、風景、國家公園、河川、特定專用等10種zoning (總共11種，但本研究範圍內沒有工業區)，把它們分為3大類：都市、農業、森林，之後LCTs數化也是只分這3類，有些情況像一大片農地上星布一些農舍，就會全部類化成農業，包括其間的道路，不會細分
LCTs的比例不用說，就是用數化類化好的圖層去計算；要討論zoning和LCTs之間的落差，技術上應該可行，就是把兩個圖層merge起來，14座水庫分別去計算zoning和LCTs不相符的部分(應該有都變農、都變森、農變都、農變森、森變都、森變農等6種)所佔比例
Jack認為只要算PLAND就夠了，我也同意，但總覺得有其他指數也可以和空間法規連得起來XDDD 這先不管啦！應該還是先跑PLAND吧，也就是各種類型的面積比例；整體而言，study比較沒有具體的技術問題，大概就是昨天老師說的，有沒有回答到研究問題，不過我想朝向修改研究問題的方向著手

20100907
開學後第1次跟JACK咪聽，因為目前忙著搞GIS，沒什麼具體進度，倒是Mass river那篇的data和分析方法讓我滿擔心的，我問他去找McGarigal好不好，他給了我一個麻州水資源研究中心的人名，要我去找她^^